Die Bayerische Musikakademie Schloss Alteglofsheim ist die zentrale Tagungs- und Bildungsstätte für Musik in der Region Ostbayern. In ihr findet sowohl fachliche Aus- und Fortbildung für Schüler wie für Erwachsene aller Altersstufen sowie berufliche Weiterbildung statt. Nicht Primärausbildung im Fach Musik wie an den Fachakademien und Musikhochschulen des Freistaates ist also der Arbeitsschwerpunkt des Hauses (es gibt somit auch keine regelmäßigen Studenten und feste Dozenten im Schloss), sondern seminarorientierte Fort- und Weiterbildung, die eine ungestörte Arbeitsatmosphäre und zweckmäßige Unterkunftsmöglichkeiten benötigt, sind Arbeitsschwerpunkte des „Musikschlosses“. Die Bildungsaktivitäten werden getragen von den Berufs- und Fachverbänden sowie Schulen und Hochschulen der Region, des Landes und darüber hinaus – in Kooperation mit der Musikakademie. Zur Bildungsarbeit gehören ebenso Tagungen, Kongresse, Symposien, unter anderem Veranstaltungen in den Bereichen Musik, Kunst und Kultur. Die Musikakademie ist zudem Heimstätte der landesgeförderten Ensembles. Als Seminar- und Fortbildungszentrum ist sie zentrale Arbeitsstätte für Ensembles, Bands, Chöre, Orchester und Tanzgruppen, die hier nicht nur die erforderliche räumliche und instrumentale Ausstattung, sondern Ruhe, Abgeschiedenheit, Konzentration und doch alle logistischen Hilfen eines professionellen Tagungshauses vorfinden.
Inhaltlich setzt die Bayerische Musikakademie Schloss Alteglofsheim – in Abstimmung mit dem Bayerischen Musikrat und den beiden anderen bayerischen (Landes-)Musikakademien – Schwerpunkte in den Bereichen Erwachsenenbildung (auch sogenanntes „drittes Lebensalter“), Multiplikatorenschulung in der Laienmusik und Neue Medien. Neben der Bildungsarbeit ist die Musikakademie auch Begegnungsstätte und Kristallisationspunkt für Kunst und Kultur in der Region Regensburg und Ostbayern, indem sie die Ergebnisse der Bildungsarbeit in Konzerten oder Seminaren lokal vorstellt und in die Region einbringt. So gibt es eigene Konzertreihen der Akademie und der Gastgruppen für das Publikum der Region, regelmäßige Workshopangebote für Schulen und interessierte Gruppen sowie musikalische Schlossführungen und Kurse für Kinder.
Die Musikakademie ist weiterhin ein musikalisches Fachinstitut mit umfangreicher Bibliothek, Mediathek und dort angesiedelten Fachreferenten und -instituten. So konnte im Sommer der Arbeitskreis Bayerische Musikinitiativen (ABMI) und das Bayerische Rockbüro in den Räumen der Musikakademie angesiedelt werden – weitere Ansiedlungen von Fachinstituten sind geplant.
Träger der Musikakademie im Schloss ist der „Zweckverband Bayerische Musikakademie Alteglofsheim“. Die Verbandsmitglieder sind der Freistaat Bayern, die Bezirke Niederbayern und Oberpfalz, der Landkreis Regensburg, die Stadt Regensburg, die Gemeinde Alteglofsheim und der Bayerische Musikrat e.V. Die Arbeit der Musikakademie wird massgeblich gefördert aus Mitteln des Bayer. Staatsministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kultur sowie aus Kulturmitteln der Bezirke.