Es begann als studentische Initiative: Seit Frühjahr 1957 studierte Norbert Nohe an der Musikhochschule Karlsruhe Dirigieren. Um nicht alle möglichen Stücke nur für den Klavierrepetitor dirigeren zu müssen, kam die Idee auf, ein Jugendorchester zu gründen. Schnell waren Mitstreiter mit den Geigern Dieter Baal und Uwe Blaurock, dem Oboisten Karl Nagel und dem Cellisten Karl Holfelder gefunden.
Die erste Probe fand am 17. Juni 1957 statt. Man begann mit Barockmusik und traf sich anfangs in Privatwohnungen, die groß genug waren, bevor man im neu gegründeten Haus der Jugend unterkam. Für das erste Konzert, das im Frühjahr 1958 dort stattfand, spendierte das Forstamt Baden-Baden einen Baum, aus dessen Brettern man ein Podium baute, das aufzubauen zwei Tage dauerte. Die Finanzmittel des Orchesters waren gleich null, und man musste aus privaten Quellen jedwede Ausgaben bestreiten. Bald gab es immerhin einige Spender, so dass man nur noch jede Mark, nicht mehr jeden Pfennig umdrehen musste. Bis heute erhält das Jugendorchester Baden-Baden keinerlei Zuschüsse und muss sich „selbst ernähren“. Durch die Konzerte um den Jahreswechsel kann jedoch der Haushalt jedes Mal ausgeglichen werden. Seit drei Jahren gibt es auf Initiative des Sparkassendirektors Eduard Freudl einen Förderverein Jugendorchester Baden-Baden, der für das Orchester auch Geldmittel besonders zum Notenkauf zur Verfügung stellt.
1963 übernahm Karl Nagel das Jugendorchester Baden-Baden. Bei zahlreichen Dirigierkursen am Mozarteum in Salzburg bei damals prominenten Dirigenten wie Lovro von Matacic oder Hermann Scherchen holte er sich wertvolle Anregungen, besonders bei den immer in der letzten Woche stattfindenden Gastdirigierkursen mit Herbert von Karajan. Die Proben fanden inzwischen in Räumen des Baden-Badener Kurhauses statt, wo der frühere Kurhausinspektor Dorner-Müller dem Orchester sehr gewogen war. Alle Konzerte konnten kostenfrei im damaligen „Gartensaal“ des Kurhauses stattfinden, auch der Flügel wurde kostenfrei gestimmt, und für weibliche Solisten stand immer ein Blumenstrauß zur Verfügung. Das entfiel alles, als 1994 die Kurverwaltung städtisch wurde.
Schon viel früher machte das Orchester seine Proben in der Aula des Gymnasiums Hohenbaden, wo Karl Nagel 25 Jahre lang Nebenlehrer war. Er leitete jahrelang auch das auch bei gelegentlichem Nachwuchsmangel stets einsatzbereite Schulorchester, von dessen Musikern viele später zum Jugendorchester überwechselten. Nachdem Nagel Ballettkorrepetitor am Theater Mainz geworden war, mussten die Proben an den ballettfreien Wochenendvormittagen stattfinden. Seit 1964 spielte das Orchester am 26. Dezember Barockkonzerte in der Altkatholischen Spitalkirche. Die Zahl der Konzerte in Altenheimen, Rehakliniken und auch auswärts wurden im Lauf der Jahre enorm gesteigert. 2006 gab es zehn Barockkonzerte mit oft sieben Solisten, bei denen auch Orchestermitglieder solistisch auftreten. Ab 1968 fanden im Innenhof des Neuen Schlosses mit Genehmigung der königlichen Hoheit bestens besuchte Serenaden hauptsächlich mit Werken von Mozart statt. Seit 1986 spielte das Orchester jedes Jahr für die Mozartgesellschaft Schwetzingen das Neujahrskonzert, wo es von seinem treuen Publikum jedes Jahr herzlich gefeiert wird. Etwa zur selben Zeit gab es Silvesterkonzerte mit Werken von Johann Strauß, Franz von Suppé und anderen Komponisten, und die Stadtsparkasse Baden-Baden und auch die Volksbank Baden-Baden Rastatt laden das Orchester immer am 6. Januar zu je einem Kundenkonzert mit unterschiedlichen Programmen ein. Die Stadtsparkasse produziert seit 1995 jeweils eine CD von diesen Konzerten. Seit 1978 studiert das Orchester regelmäßig auch große Werke ein, wobei der Probenaufwand oftmals bis zu zwölf Stunden am Tag gehen kann. Eines der Ergebnisse dieses Engagements: Mittlerweile spielen elf Musiker aus dem Orchester seit vielen Jahren in deutschen Berufsorchestern.
Im Jahr 2001 musizierte das Orchester zusammen mit Hilary Hahn das Violinkonzert von Brahms. Mit Nicolay Znaider spielte man im Sommer 2003 nach intensiven Proben das Violinkonzert von Tschaikowsky. So spielen seit vielen Jahren immer wieder junge Profisolisten mit dem Orchester unter der Bedingung, dass sie das Stück noch nicht zuvor mit Orchester gespielt haben. Die Pianistin Ewa Kupiec spielte so zwei Werke erstmals mit dem Orchester, ebenso die Geigerinnen Mirijam Contzen, Arabella Steinbacher und Viviane Hagner. Auf diese Weise fördert das Baden-Badener Jugendorchester auch Hochschulabsolventen, indem es ihnen gründliche Bühnenerfahrung und Sicherheit im Auftritt mit Orchester vermittelt.
Alle jemals gespielten Konzerte sind auf Tonträgern dokumentiert. Die frühen Aufnahmen wurden vom Ring der Tonbandfreunde, Werner Grabinger, die neueren Aufnahmen von Frank Wild, ehemals Tonmeister beim Südwest-Rundfunk erstellt. Die Aufnahmen beim Festkonzert der Stadtsparkasse macht seit 1995 Werner Grabinger. Wenn das Orchester zu seinem 50-jährigen Jubiläum am 17. Juni um 11.00 Uhr im Weinbrennersaal mit der Münchner Geigerin Mira Tujakbajewa das Violinkonzert D-Dur von Mozart und anschließend die 1. Sinfonie von Gustav Mahler spielt, wird erneut ein Zeichen für die hohe Qualität des Orchesters gesetzt.