Die 6. Biennale Chiffren „kieler tage für neue musik“ hat im Mai 2016 zum zehnten Mal, aber auch zum letzten Mal stattgefunden. Ab 2017 werden dem Projekt Chiffren die Landesmittel entzogen und eine Umstrukturierung wird eingeleitet. Das Chiffren-Ensemble wird auf Betreiben der Kulturabteilung des Schleswig-Holsteinischen Ministeriums für Justiz, Kultur und Europa an den Landesmusikrat übergeben. Allerdings hat der Träger des Ensembles, das Forum zeitgenössische Musik in Schleswig-Holstein, die Verwendung des Markenamens Chiffren Ensemble untersagt, sodass der frühere Name LandesJugend-Ensemble Neue Musik Schleswig-Holstein wieder verwendet werden muss.
Die bisher Chiffren zur Verfügung stehende jährliche Projektförderung des Landes betrug seit 2012 40.000 Euro. Dazu kamen eine Institutionelle Förderung der Landeshauptstadt Kiel, Förderung der 6. Biennale durch die Ernst von Siemens Musikstiftung und die ZEIT Stiftung sowie für das Chiffren Ensemble von Feldtmann Kulturell gGmbH Hamburg. Zukünftig soll der oben genannte Förderbetrag aufgeteilt werden. Der Landesmusikrat erhält 30.000 Euro für das Landesjugendensemble. 10.000 Euro hätte Chiffren für Vermittlung bekommen, hauptsächlich an Schulen. Das Festival soll nicht mehr stattfinden. Der Künstlerische Leiter Friedrich Wedell und die Kulturabteilung des Ministeriums verständigten sich darauf, die Mitgliederversammlung des Trägervereins Forum für zeitgenössische Musik über diese Vorschläge befinden zu lassen. Auf dieser Versammlung am 22. November wurde festgestellt:
„Die Abgabe des Jugendensembles an den LMR ist nicht abzuwenden. Es gibt auch nicht eine weitere Mitarbeit von Wedell in der inhaltlichen Betreuung, wie vom Land gewünscht. Das Festival kann nicht weiter stattfinden. Damit entfallen die beiden Hauptsäulen des Projektes Chiffren. Das Angebot von wenigstens einer anspruchsvollen Veranstaltung lässt sich mit den Restmitteln nicht mehr realisieren. Ein Antrag auf zusätzliche Förderung für wenigstens ein repräsentatives Konzert ist abgelehnt worden. Ein endgültiger Beschluss zur Beendigung des Projektes Chiffren wird der nächsten ordentlichen Mitgliederversammlung des Forums im Februar 2017 vorgeschlagen.“
Eine Einladung zum „11. November Delmenhorst“ 2017 mit einem für das Chiffren-Ensemble geschriebenen Werk von Hans-Joachim Hespos liegt vor. Dieses Konzert mit Ehemaligen und ein Folgekonzert in Kiel zum 100-jährigen Gedenktag des Kieler Matrosenaufstandes am 2. November 2018 werden der Abschied von den Chiffren sein. Diese Konzerte markieren das Ende für ein erfolgreiches Projekt zeitgenössischer Musik. 2006 fand in Kiel das erste Festival für zeitgenössische Musik unter dem Namen Chiffren – Festival „kieler tage für neue musik“ statt. Von Anfang an war das Festival mit originellen Vermittlungsaktivitäten verbunden. 2008 übernahm der Verein Forum für zeitgenössische Musik e.V. die Trägerschaft des Projektes Chiffren, das als eines von 15 Projekten bundesweit in das Netzwerk Neue Musik 2008 bis 2011 aufgenommen worden war. Vom Netzwerk mit umfangreichen finanziellen Mittel versehen, konnten die Biennale 2010 auf hohem Niveau und mit bedeutenden Künstlern und Ensembles ausgerichtet werden.
Nicht zuletzt weil die Organisatoren Chiffren als eines der besten Projekte im Rahmen des Netzwerk Neue Musik entwickeln konnten, wurde nach Abschluss des Förderzeitraums die 4. Biennale 2012 noch einmal großzügig von der Kulturstiftung des Bundes gefördert.
Ein unverwechselbares Element der Chiffren-Biennalen wurde aber auch das Abschlusskonzert „Junge Musik“, das dem Nachwuchs aus der Musikhochschule Lübeck oder dem LandesJugendEnsemble Neue Musik Schleswig-Holstein eine Bühne bot. Das letztere wurde von Chiffren im Jahr 2009 gegründet. Unter der Leitung von Johannes Harneit (seit 2011) machte das Ensemble eine glänzende Karriere. 2012 wurde das Ensemble mit dem Förderpreis des Kunstpreises des Landes Schleswig-Holstein ausgezeichnet. Seit 2014 präsentierte es unter dem Namen Chiffren Ensemble bemerkenswerte Auftritte im Rahmen von professionellen Veranstaltungen wie den Darmstädter Ferienkursen 2014 sowie bei den Festivals „John Cage 99“ (Das Neue Werk Hamburg), „Upgrade“ (Donaueschingen), „Klang!“ (Kopenhagen) und „Greatest Hits“ (Elbphilharmonie Hamburg).